采用微生物發酵的方法可提高玉米蛋白的可溶性，從而提高其作為飼料的動物消化利用率，促進玉米蛋白質資源的有效利用。
目前微生物發酵飼料常使用的菌種為酵母菌、乳酸菌、芽孢桿菌、鏈球菌屬及部分霉菌等，飼料酵母可產多種動物所需的消化酶，對營養物質的消化吸收起著重要作用，同時酵母菌具有濃烈的酵母香味，對家畜增加食欲增強消化吸收等有一定作用;芽孢桿菌具有較強的淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶活性，可明顯提高飼料利用率，還可以消耗大量的氧氣，維持腸道厭氧環境，抑制致病菌的生長，維持腸道正常生態平衡，增強機體;乳酸菌可以提高飼料的品質，并能直接促進動物生長，改善消化道微生態環境，調節消化道免疫系統，具有替代含飼料的潛能。每種菌在發酵飼料中都有不同的功效，因此混合發酵效果要優于單菌發酵。
通過平板培養和發酵試驗相結合的方法,篩選出以玉米蛋白粉為主要原料生產發酵飼料的菌種為嗜熱乳酸桿菌、枯草芽孢桿菌和熱帶假絲酵母;利用正交試驗確定所用三種菌株的比例為嗜熱乳酸桿菌:枯草芽孢桿菌:熱帶假絲酵母