醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。
中國醫學科學院阜外醫院（以下簡稱阜外醫院），是三級甲等心血管病專科醫院，目前正朝向綜合型醫院轉型發展。阜外醫院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫學中心和全國國家醫學中心實質落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫療、科研、預防和人才培養于一體的醫學研究與教育中心。
全國基層高血壓防治管理項目作為國家基本公共衛生服務重點項目之一，自2017年在中心成立項目辦公室以來，先后發布《國家基層高血壓防治管理指南》（2017版、2020版）和《國家基層高血壓防治管理手冊》，培訓超過235萬名醫務人員（其中基層醫務人員占80%）。通過新媒體傳播途徑向公眾傳播健康生活方式醫學理念和方法，覆蓋民眾2500余萬人。建立了一套相對完善的高血壓評價體系，以統一的七級管理數據分析質控平臺，推動基層管理質量“持續改善”。該平臺已管理重點聯系點地區的1.8萬個基層醫療衛生機構的438萬高血壓患者。開發適合基層的高血壓管理輔助診療工具（1.0版、2.0版），并通過持續開展降壓效果調研評價工作，探索防控新模式。
完善心血管病專業醫療質量控制體系
自2009年起，阜外醫院受國家衛生健康委的委托，先后成立5個質控中心，分別是國家心律失常介入技術醫療質控中心、國家心血管系統疾病醫療質控中心、國家心臟移植技術醫療質控中心、國家結構性心臟病介入技術醫療質控中心、國家外周血管介入技術醫療質控中心，各質控中心共下設17個亞專業組，承擔全國心血管病專業醫療質量管理和控制工作。截至2023年，心血管病相關專業質控中心實現省級質控工作全覆蓋，并延伸到63.1%的地市，“國家、省、市、縣”四級質控工作網絡不斷完善；組織制訂《心血管系統疾病醫療質量控制指標（2021年版）》，包含11個病種和技術105項質控指標，并由國家衛生健康委發布；連續9年參與編寫國家衛生健康委年度《國家醫療服務與質量報告》，連續3年組織編寫并發布年度《國家醫療服務與質量報告——心血管病專業分冊》，并首次發布省級質控報告；提出心血管病相關專業國家醫療質量改進目標，組織開展醫療質量改進行動，包括制定、發布、解讀規范化診療流程和標準，開展多層次專業能力提升和質控培訓，針對關鍵質量問題開展專題調研，定期反饋質控信息，指導省級質控組織開展質控工作。推動我國心血管病相關專業醫療質量持續改善。