上游密碼子的克服一般認(rèn)為核糖體可以通過以下兩種方式來克服上游AUG的阻礙：
（1）直接略過個AUG。
一般有兩種猜想支持這一個方法：Kozak序列和二級結(jié)構(gòu)。由于一部分上游AUG帶有較為保守的Kozak序列：A/GNNAUGG，或許生物可以通過某種機制識別這一序列進(jìn)而直接略過上游AUG的翻譯。同時，也有研究表明在上游AUG周圍出現(xiàn)二級結(jié)構(gòu)可以使得其被核糖體略過而不啟動翻譯，而其在機制上并不容易理解，因為理論上eIF4A會解旋所有二級結(jié)構(gòu)，保證翻譯不受影響。[2]
（2）翻譯在上游ORF終止后重新啟動。
由于ORF大多很短（只有3-10個氨基酸），核糖體小亞基或許在翻譯結(jié)束后繼續(xù)和mRNA互作，并持續(xù)掃描而并不解離下來。一般認(rèn)為此類機制下的翻譯重啟也會受到下游終止密碼子的影響。
