食品經營許可證的申請流程如下：
1、首先填寫好食品經營許可證的申請表。
2、準備法人身份證復印件、從業人員身份證復印件和健康證。然后制定食品管理制度。
3、繪制店鋪的平面圖。提交繳納稅費單據證明，證實自己所使用的水是正規自來水公司提供的。
4、到當地市場監督管理局提交如下資料：
(1)《食品流通許可申請書》;
(2)《名稱預先核準通知書》復印件;
(3)與食品經營相適應的經營場所的使用證明;
(4)負責人及食品管理人員的身份證明;
(5)與食品經營相適應的經營設備、工具清單;
(6)與食品經營相適應的經營設施空間布局和操作流程的文件;