任何水源中，都不同程度的含有各種雜質，而微灌系統中灌水器出口的孔徑很小，灌水器很容易被水源中的雜質堵塞。因此對灌溉水源進行嚴格的過濾處理是微灌中的首要步驟，是保障微灌系統正常運行，延長灌水器使用壽命和保障灌溉質量的關鍵措施。
砂石過濾器：此類過濾器是利用砂石作為過濾介質的一種過濾設備，主要清除水中的懸浮物〔比方藻類〕，需要定期更換砂石，時間按照當地水質情況而定。一定要按照設計流量使用，流量過大會導致過濾精度下降，當進出口壓降大于0.07MPa時，應進行反沖洗。一般在地表水源中作為一級過濾器使用，和疊片過濾器或者篩網式過濾器同時使用效果更好。
疊片過濾器：此類過濾器采用帶溝槽的塑料圓片作為過濾介質，雜質在經過過濾器時，會被塑料圓片攔截在圓片外，主要清除水中各種雜質，需要定期清洗過濾器，時間按照當地水質情況而定。此類過濾器在安裝過程中必須按照規定的進水方向安裝，不可反向使用。一般旋轉式水砂別離器和砂石過濾器作為二級過濾器使用。
施肥〔藥〕裝置
微灌系統中向壓力管道注入可溶性肥料或農藥溶液的設備及裝置稱為施肥〔藥〕裝置。常用的施肥裝置有以下幾種：
(1) 壓差式施肥裝置：此類施肥裝置是在施肥閥的兩個副閥形成壓力差，并利用這個壓力差，將肥料〔農藥〕注入系統。此類施肥裝置操作簡單，使用范圍大，但是肥液濃度會在施肥過程中逐漸變低，不能準確知道施肥量。在使用過程中，要注意施肥罐的蓋子要擰緊。
(2)文丘里施肥裝置：此類施肥裝置是利用文丘里原理將肥料〔農藥〕注入系統。此類施肥裝置構造簡單，使用方便，施肥比例準確，肥液濃度恒定，但需要與主管路并聯來克服水頭損失較大的缺點。在使用過程中，注意調整施肥的速度。
施肥泵：此類施肥泵依靠水壓來驅動內部活塞，將肥料注入系統。此類施肥泵施肥的結構比較復雜，對水壓要求較高，肥液比例準確，肥液濃度恒定，價格比較高。在使用過程中，要注意調整施肥的比例。為了確保微灌系統施肥時運行正常，需要注意以下幾點：〔1〕施肥裝置必須安裝在水源和過濾器之間，防止堵塞灌水器；〔2〕施肥〔藥〕后需用清水沖洗管道，防止設備腐蝕;；〔3〕水源與施肥裝置之間必須安裝逆止閥，防止污染水源；〔4〕施肥前先將肥料溶解，取上清液倒入肥料桶里面。