水母身體的主要成分是水，并由內外兩胚層所組成，兩層間有一個很厚的中膠層，不但透明，而且有漂浮作用。它們在運動時，利用體內噴水反射前進，遠遠望去，就像一頂頂圓傘在水中迅速漂游；有些水母的傘狀體還帶有各色花紋，在藍色的海洋里，這些游動著的色彩各異的水母顯得十分美麗。
大多數水母的輻管、觸手及感官均呈四輻射對稱。觸手是刺胞動物重要的結構之一，雖然某些水螅型與水母型完全缺乏觸手。觸手基本上可分為兩種形態，一種是頭狀的，短小，刺細胞集中在觸手端部，組成帽狀結構，一種是絲狀的，細長，刺細胞沿觸手全長呈環狀或瘤狀分布，這兩種觸手或單獨存在于不同的種，或同時存在。觸手的數目、結構、排列方式在不同的種不同，觸手或由于胃腔的伸入而中空，或由胃腔細胞充滿而呈實心結構。觸手的數目也常隨動物年齡的增加而增加，觸手的基部也常膨大，是感覺細胞或刺細胞集中的結果。
有些水母不單顏色多變，而且還會在水中發光，有些閃耀著微弱的淡綠色或藍紫色光芒，有的還帶有彩虹般的光暈，當它們在海中游動時，就變成了一個光彩奪目的彩球。水母發光靠的是一種叫埃奎明的奇妙的蛋白質，這種蛋白質和鈣離子混合時，就會發出強藍光。埃奎明的量在水母體內越多，發的光就越強，每只水母平均只含有50微克。
缽水母綱的水母體體型較大，傘緣直徑一般在2-40厘米之間，個別大的種直徑可達1-2米，例如一種霞水母。傘呈圓盤形，如海月水母，或呈錐形、半圓形、蝶形等因種而異。由于體內的生殖腺或其他胃囊等結構具有色澤，而使身體在透明中出現局部的粉紅色、桔紅色等。