水母身體的主要成分是水，并由內外兩胚層所組成，兩層間有一個很厚的中膠層，不但透明，而且有漂浮作用。它們在運動時，利用體內噴水反射前進，遠遠望去，就像一頂頂圓傘在水中迅速漂游；有些水母的傘狀體還帶有各色花紋，在藍色的海洋里，這些游動著的色彩各異的水母顯得十分美麗。
身體也區分成上傘面及下傘面，無緣膜、傘緣具有一圈觸手，不同的種觸手的數目不同，觸手或實心或空心，或長或短，也有少數種沒有觸手，例如根口水母類。傘緣具有感覺器官，也稱為觸手囊，數目為4或4的倍數，海月水母有8個，呈缺刻狀，因此將傘緣分成了8片。下傘中央的垂唇末端向外延伸，形成4個或8個口腕，口腕向中心的一側有溝。
口腕具捕食的功能，取食時微小的食物可沿口腕溝進入海月水母中，根口水母類口腕愈合，垂唇末端的口封閉，而形成許多新的細小的吸口，用以吸食。一般在觸手、垂唇、口腕及傘的外表面分布有刺細胞。一些種類的下傘面生殖腺區向內凹陷形成生殖下窩（subgenitalpit），其功能不詳，可能與動物的呼吸有關。
缽水母類的神經結構也是由外胚層形成的神經網，也具有突觸傳導。原始的種類例如立方水母類（Cubomedusae），也像水螅水母一樣，在傘緣具有兩個神經環。但多數的缽水母類已不存在這種傘緣神經環，而是神經細胞集中，形成4個或8個神經節分布在傘緣的觸手囊中。顯然，其中含有起博點神經元，因為如果切去全部的神經節，水母則失去博動的能力，如果切去部分神經節，甚至只留一個神經節，水母仍能做有節奏的收縮運動。所以神經節中含有起博點神經元，它控制著水母類的肌肉收縮運動。