水母型的體壁結構與水螅型基本相似，也是由兩層上皮肌肉細胞中間夾有中膠層構成，但水母型的中膠層遠較水螅型發達。體壁圍繞的胃循環腔也較發達，它或是一個簡單的囊，或是被膜分隔成4個胃囊，由胃囊向傘緣伸出4條（水螅綱水母）或更多的（缽水母）輻射管，并與傘緣平行的環管相連，由環管也可伸出離心的小管進入觸手，直達觸手末端。在傘緣或觸手基部有感覺器官，例如眼點或平衡囊。
大多數水母的輻管、觸手及感官均呈四輻射對稱。觸手是刺胞動物重要的結構之一，雖然某些水螅型與水母型完全缺乏觸手。觸手基本上可分為兩種形態，一種是頭狀的，短小，刺細胞集中在觸手端部，組成帽狀結構，一種是絲狀的，細長，刺細胞沿觸手全長呈環狀或瘤狀分布，這兩種觸手或單獨存在于不同的種，或同時存在。觸手的數目、結構、排列方式在不同的種不同，觸手或由于胃腔的伸入而中空，或由胃腔細胞充滿而呈實心結構。觸手的數目也常隨動物年齡的增加而增加，觸手的基部也常膨大，是感覺細胞或刺細胞集中的結果。
身體也區分成上傘面及下傘面，無緣膜、傘緣具有一圈觸手，不同的種觸手的數目不同，觸手或實心或空心，或長或短，也有少數種沒有觸手，例如根口水母類。傘緣具有感覺器官，也稱為觸手囊，數目為4或4的倍數，海月水母有8個，呈缺刻狀，因此將傘緣分成了8片。下傘中央的垂唇末端向外延伸，形成4個或8個口腕，口腕向中心的一側有溝。
缽水母類的神經結構也是由外胚層形成的神經網，也具有突觸傳導。原始的種類例如立方水母類（Cubomedusae），也像水螅水母一樣，在傘緣具有兩個神經環。但多數的缽水母類已不存在這種傘緣神經環，而是神經細胞集中，形成4個或8個神經節分布在傘緣的觸手囊中。顯然，其中含有起博點神經元，因為如果切去全部的神經節，水母則失去博動的能力，如果切去部分神經節，甚至只留一個神經節，水母仍能做有節奏的收縮運動。所以神經節中含有起博點神經元，它控制著水母類的肌肉收縮運動。