步企業根據《認定辦法》和《工作指引》進行自我評價，初步判斷是否達到認定條件的要求。
第二步企業登錄"高新技術企業認定管理工作網"按要求填寫《企業注冊登記表》，并通過網絡系統提交至認定機構。認定機構核對企業注冊信息，在網絡系統上確認后，企業可以開展后續申報工作。
第三步企業登錄"高新技術企業認定管理工作網"，按要求填寫《高新技術企業認定申請書》 ，通過網絡系統提交至認定機構，并向認定機構提交書面材料。
第四步認定機構收到企業申報材料后，從專家庫中抽取至少5名評審專家(其中技術專家不少于60%，并至少有1名財務專家) 組成專家組。進行審查
第五步認定機構根據專家組評審意見，對申請企業申報材料進行綜合評審（可視情況對部分企業進行實地核查） ，提出認定企業名單，報領導小組備案，報送時間不得晚于每年11月底。
第六步經認定報備的企業名單，由領導小組辦公室在"高新技術企業認定管理工作網"公示10個工作日。有異議的，須以書面形式實名向領導小組辦公室提出，由認定機構核實處理；領導小組辦公室可對報備企業進行隨機抽查，對存在問題的企業交由認定機構核實情況，提出處理建議。
第七步經認定報備的企業名單，由領導小組辦公室在"高新技術企業認定管理工作網"公示10個工作日。有異議的，須以書面形式實名向領導小組辦公室提出，由認定機構核實處理；領導小組辦公室可對報備企業進行隨機抽查，對存在問題的企業交由認定機構核實情況，提出處理建議。
認定結構
各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構簡稱認定機構。辦公室設在省級、計劃單列市科技行政主管部門。
書面材料
審查內容主要包括以下三個方面：
1合規性審查
審查企業的研究開發活動（項目）、年度財務會計報告和專項審計報告等是否符合《管理辦法》和《工作指引》的要求；
2獨立評價
每名技術專家單獨填寫《高新技術企業認定技術專家評價表》，主要對企業知識產權、研究開發活動、主營業務、成果轉化及高新技術產品（服務）等情況進行評價打分；每名財務專家單獨填寫《高新技術企業認定財務專家評價表》，參照中介機構提交的專項報告、企業的財務會計報告和納稅申報表等進行評價打分；
3綜合評價
在各評審專家獨立評價的基礎上，專家組長匯總各位專家分數，按分數平均值填寫《高新技術企業認定專家組綜合評價表》。注：具備條件的地區可進行網絡評審。