微生物實驗室凈化工程良好的通風是關鍵，必要時更應配備抽風機。接種、分離及鑒定等操作應在生物柜中進行，對結核桿菌等傳染性極強的微生物學檢驗時必須在100％外臨床微生物學實驗室接觸多種有害微生物，為了防止交叉污染，保護工作人員健康，實驗室應至少劃分成3個區。
整潔：微生物操作區是各種病原菌相對集中的地方，為了減少粉塵流動，防止交叉污染，操作區應與外界分開。實驗室工作人員進入操作區應換鞋，送標本人員不進入操作區，操作區地面用專用拖把每天拖1次，每周用劑擦洗1次。每天早上工作前，用紫外線照射30min，或每天工作后，用紫外線照射60min，對整個操作區進行；下午工作結束后用液工作臺面，以保證工作環境的清潔。
溫度和濕度：由于無菌操作的要求，實驗過程中經常使用酒精燈，因此，微生物學實驗室不能安裝吊扇。為了達到實驗所需的適宜溫度，尤其是滿足某些儀器對溫度濕度的要求，實驗室應安裝空調。
無菌室僅用于培養基分裝等無菌操作，不能進行有菌標本的操作。操作人員操作時應嚴格關門，并戴好專用的口罩、帽子。
無菌室內應有空氣過濾裝置，并安裝空調。