陰極電泳涂料所含的樹脂帶有堿性基團，經酸中和后成鹽而溶于水。通直流電后，酸根負離子向陽極移動，樹脂離子及其包裹的顏料粒子帶正電荷向陰極移動，并沉積在陰極上，這就是電泳涂裝的基本原理（俗稱鍍漆）。電泳涂裝是一個很復雜的電化學反應，一般認為至少有電泳、電沉積、電解、電滲這四種作用同時發生。
蛋白帶偏斜常常是由于濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由于加樣位置偏斜而引起。 蛋白帶過寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由于加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。
聚丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質純度的鑒定.聚丙烯酰胺凝膠電泳同時具有電荷效應和分子篩效應，可以將分子大小相同而帶不同數量電荷的物質分離開，并且還可以將帶相同數量電荷而分子大小不同的物質分離開。其分辨率遠遠高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復性好，沒有電滲作用.
電泳槽 電泳槽是電泳系統的核心部分，根據電泳的原理，電泳支持物都是放在兩個緩沖液之間，電場通過電泳支持物連接兩個緩沖液，不同電泳采用不同的電泳槽.常用的電泳槽有： （1）圓盤電泳槽：有上，下兩個電泳槽和帶有鉑金電極的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管（玻璃管）的硅橡皮塞。電泳管的內徑早期為5～7mm，為保證冷卻和微量化，現在則越來越細. （2）垂直板電泳槽：垂直板電泳槽的基本原理和結構與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在塊垂直放置的平行玻璃板中間. （3）水平電泳槽：水平電泳槽的形狀各異，但結構大致相同。一般包括電泳槽基座，冷卻板和電極.