三格式化糞池由三個相互連接的密封化糞池組成，糞便從一個化糞池向下游通過糞便進水管進入流向第三個化糞池。每個儲罐的一個原則是：
頂池：先攔截含卵較多的糞便，糞便發酵分化，疏松的糞塊因發酵膨脹而上升，下沉更重，形成浮糞皮、中糞液、下沉糞渣。利用寄生蟲比重大于糞便和尿液混合物比重的原理，使寄生蟲自然沉降在化糞池底部。糞肥液的浸泡和翻轉用于溶解糞肥塊，將其液化，并將糞肥殘渣保留在池塘底部。厭氧發酵：化糞池封閉的厭氧環境，可以分化蛋白質有機物，產生氨等物質，可以殺死寄生蟲卵和病菌。
第二個池塘起著進一步發酵和沉淀的作用。與一池相比，第二池的糞皮和糞渣數量減少，因此發酵分化程度較低。由于沒有新的糞肥進入，糞肥液處于相對靜止的狀態，有利于糞肥池中漂浮的卵不斷下沉。
第三池：起儲存糞肥的首要作用。前二格處理的糞液三塘進入基本無寄生蟲卵和病原微生物，符合糞便無害化要求，可用于農田直接施肥。