三格式化糞池由三個相互連接的密封化糞池組成，糞便從一個化糞池向下游通過糞便進水管進入流向第三個化糞池。每個儲罐的一個原則是：
一塘：首先攔截含卵較多的糞便，糞便發酵分化，疏松的糞塊因發酵膨脹而上升，下沉更嚴重，形成浮糞皮、中糞液、下沉糞渣。
利用寄生蟲比糞尿混合物比例更嚴重的原理，自然沉降在化糞池底部。糞肥液的浸泡和翻轉用于溶解糞肥塊，將其液化，并將糞肥殘渣保留在池塘底部。厭氧發酵：化糞池封閉的厭氧環境，可以分化蛋白質有機物，產生氨等物質，可以殺死寄生蟲卵和病菌效果。
第二池：進一步發酵沉淀效果。與一池相比，第二池的糞皮和糞渣數量減少，因此發酵分化程度較低。因為沒有新的糞進入，糞液處于相對停止的狀態，有利于糞池中漂浮的卵繼續下沉。
第三池：一個存糞的效果。經前二格處理的糞液三塘進入基本無寄生蟲卵和病原微生物，符合無害化糞液要求，可用于農田直接施肥。