電泳是指帶電顆粒在電場的作用下發生遷移的過程。許多重要的生物分子，如氨基酸、多肽、蛋白質、核苷酸、核酸等都具有可電離基團，它們在某個特定的pH值下可以帶正電或負電，在電場的作用下，這些帶電分子會向著與其所帶電荷極性相反的電極方向移動。
指示劑前沿呈現兩邊向上或向下的現象。向上的“微笑”現象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時常發生。向下的“皺眉”現象常常是由于垂直電泳時電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會產生這種現象。
蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由于多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣后應立即電泳，以防止擴散。
電沉積
固體從液體中析出的現象稱為凝集（凝聚、沉積），一般是冷卻或濃縮溶液時產生，而電泳涂裝中是借助于電。在陰極電泳涂裝時，帶正電荷的粒子在陰極上凝聚，帶負電荷的粒子（離子）在陽極上聚集，當帶正電荷的膠體粒子（樹脂和顏料）到達陰極（被涂物）表面區（高堿性的界面層）后，得到電子，并與氫氧根離子反應變成水不溶性物質，沉積在陰極（被涂物）上。