在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。
無塵無菌車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。
無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
承接食品廠無菌車間工程，對超高溫有蒸煮味的物料可采用高溫短時，此種方法可較好保持產品的營養、風味，其典型應用是對牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根據不同場合各種劑或紫外線、輻射、微波照射等以達到目的。
