無菌定義是要求沒有活體微生物的存在，為了達到無菌車間內沒有活體微生物，無菌車間在產品制造過程中需要采取各種方法來去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。
一個普通的無塵凈化車間，會涉及到凈化裝飾、地面、凈化空調與通風系統、冷熱源系統、照明系統、動力系統、通信系統、監控系統、自動化控制系統、給排水系統、工藝管道系統等工程。
1、進入無塵無菌車間管理，包括對無塵無菌車間工作人員進入、物料進入、各類設備的搬入以及相關的設備、管線的維護管理，應做到不得將微粒、微生物帶入無塵無菌車間。
2、操作管理技術，對無塵無菌車間內人員用潔凈工作服的制作、穿著和清洗;操作人員的移動和動作;室內設備及裝修材料的選擇和清掃、滅茵等，盡可能地減少、防止無塵無菌車間內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖等。
3、嚴格各類設備、設施的維護管理，制定相應的操作規程，保證各類設備、設施按要求正常運轉，包括凈化空調系統、各類水氣電系統、生產工藝設備和工器具(工裝夾具)等。以確保產品生產工藝要求和空氣潔凈度等級。
4、清掃、管理，對無塵無菌車間內的各類設備、設施的清掃、滅茵以及方法、周期和檢查作明確的規定，防止、捎除無塵無菌車間內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖。
5、無塵無菌車間環境控制的內容包括：空氣凈化、潔凈建筑、與產品直接接觸的水或氣體或化學品和生產設備、工器具等的污染物控制以及微振動、噪聲、靜電的控制、防止等。
食品物料的分為熱力和冷菌。食品無塵無塵無菌包裝的物料到目前為止主要是熱力，其又分超高溫和高溫短時兩種，物料的冷方法 主要指紫外線和微波。超高溫是指在溫度和時間分別為135-150℃和2-8秒的條件下，對乳品或其他食品進行處理的一種工藝。由于它具有許多優 點，特別是可以解決既能殺死產品中的微生物，又可較好的保持食品品質與營養價值這對矛盾，現已廣泛應用于牛乳、果汁及果汁飲料、豆乳、茶、酒、礦泉水及其 它產品的生產。
一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。
