指紋考勤是最近幾年發展起來的新技術，目前使用在高新機密企業比較多，在普通公司還沒被大量采用。
指紋式考勤機工作原理：利用每個人的指紋互不相同的道理，建立指紋庫，把每個員工的指紋和名字等員工信息掛鉤。員工上下班都必須按指紋，指紋考勤機把所收集的指紋和指紋庫對比，再對相應指紋記錄的員工進行記錄考核。
考勤機分兩大類：類是簡單打印類，打卡時，原始記錄數據通過考勤機直接打印在卡片上，卡片上的記錄時間即為原始的考勤信息，對初次使用者無需做任何事先的培訓即可立即使用；第二類是存儲類，打卡時，原始記錄數據直接存儲在考勤機內，然后通過計算機采集匯總，再通過軟件處理，形成所需的考勤信息或查詢或打印，其考勤信息靈活豐富，對初次使用者需做一些事先培訓才能逐漸掌握其全部使用功能。
生物指紋/虹膜類考勤機，進入市場3-4年，規模量產的少，試驗機型多，零售價位從指紋考勤機6000-20000元到虹膜考勤機數萬元之間。主要優點是無需攜帶卡，能杜絕，沒有卡片損耗。缺點是指紋考勤機超過幾百人使用時，處理時間較其它打卡方式慢數倍。同時在靜電干擾、汗液鹽分、其它贓物、手指磨損、貼近角度或壓力不當時，采集頭很難讀取指紋，輕者識別效率低，重者識別失敗。虹膜考勤機則受到硬件小型化和價格的限制，其主要用途仍限于重要區域的門禁管制、銀行金庫、保險箱等特殊領域
由于指紋考勤機需預先存入員工的指紋信息庫，而指紋信息涉及到個人隱私，企業無權強行錄入員工的指紋信息。 人臉識別考勤機內置攝像頭可在刷卡的同時對刷卡者進行拍照存檔, 讓者無所遁形.速度快，刷卡+拍照1秒內完成。采用超大容量存貯器。即拍即存。 不涉及到個人隱私。人臉識別考勤機采用內置拍照攝像裝置和芯片，使其性能更，價格雖然比較指紋考勤機高一點，但其性能是不容被忽視的。