操作系統或應用軟件的錯誤：隨著操作系統和應用程序的代碼量的成倍增加，BUG也在不斷增加。我們最常用的桌面系統WIN9X就是一個BUG大王。操作系統和應用軟件的錯誤，往往會給人的工作帶來一些不可預期的影響。比如前階段，發現FRONTPAGE98的一個BUG，觸發后會把你目錄下的文件全部刪除，另外，象的游戲神話II，出現了如不安裝在默認目錄中可能會使你丟失擴展分區這樣嚴重的問題。
NDD：常見的FAT文件結構磁盤修復工具，就是的NORTON磁盤醫生，可以自動修復分區丟失等情況，可以搶救軟盤壞區中的數據，強制讀出后搬移到其他空白扇區。希望大家不要再使用NORTON FOR DOS7或8的NDD，這個版本由于不支持大分區、FAT32、長文件名等技術，會給你帶來大量的麻煩。建議大家使用Norton Utilities4或更高版本中的NDD.EXE，這是純DOS下的工具。在硬盤崩潰或異常的情況下，他可能可以帶給用戶以希望。WIN9X下的磁盤醫生調用的并不是這個程序，而是NDD32.EXE。
FORMAT：在一些人眼中，FORMAT是最可怕的命令，但他并不是對硬盤清零，特別值得注意的是，很多文件恢復工具都建議你恢復前先FORMAT該分區起到保護的餓作用。DOS6.22以下的系統，在DOS目錄下，WIN9X系統中它在WINDOWSCOMMAND目錄下，它也出現在WIN9X所生成的應急盤中。
HD-COPY：傳統的軟盤COPY工具，2.0版本以后加入了強制讀的功能，可以讀出一些損壞扇區的內容。
SYS：SYS命令是重建BOOT區的最簡潔的手段，也可以殺除BOOT區病毒。DOS6.22以下的系統，在DOS目錄下，WIN9X系統中它在WINDOWSCOMMAND目錄下，它也出現在WIN9X所生成的應急盤中。
覆蓋數據恢復
專業的數據恢復軟件才具備該功能，例如數據恢復精靈、DiskGenius數據恢復及磁盤分區軟件。這些軟件可以深入數據存儲設備底層進行掃描，即使，記錄數據位置、類型、大小、名稱等信息的原始目錄結構已經損壞，軟件依然可以通過自身的數據解析和識別定位技術，盡可能的復原丟失數據。對于損壞嚴重的情況，軟件可以按文件類型恢復，限度的整合還原丟失文件。這些按文件類型恢復的文件會按文件類型分別放在不同的文件夾中，文件夾是以該文件類型的擴展名命名，里面的文件由于文件名已經被覆蓋，軟件會以數字編號給這些文件分配名稱。數據恢復精靈軟件提供快速的FAT分區數據恢復功能。軟件可以在不同的Windows系統下運行，亦可以在PE中使用。此外，該軟件可以恢復清空回收站的數據、Shift+Delete鍵刪除的文件、存儲介質打不開提示格式化的文件恢復等。
