微生物檢測方法有空氣懸浮微生物法和沉降微生物法兩種，采樣后的基片（或平皿）經過恒溫箱內３７℃、４８h的培養生成菌落后進行計數。使用的采樣器皿和培養液必須進行處理。采樣點可均勻布置或取代代表性地域布置。
用培養皿沉降菌，用碰撞式采樣器或過濾采樣器測定游浮菌，還應遵守以下規定：
１、采樣裝置采樣前的準備及采樣后的處理，均應在設游空氣過濾器排風的負壓實驗室進行操作，該實驗室的溫度應為２２±２℃；相對濕度為５０％±１０％；
２、采樣儀器應；
３、采樣器選擇應審核其精度和效率，并有合格證書；
４、采樣裝置的排氣不應污染潔凈室；
５、沉降皿個數及采樣點、培養基及培養溫度、培養時間應按有關規范的規定執行；
６、潔凈室浮游菌采樣器的采樣率宜大于１００Ｌ／min；
７、碰撞培養基的空氣速度應小于２０m/s。
集中空調系統中風口處的氣流比較復雜，測量工作難度較大。只有不能在分支管處測量，才在風口處測量，一般采用風口風量罩和風口風速法。
相對于風口風速法，風量罩能迅速準確地測量風口平均通風量，無論是安裝在天花板、墻壁或者地面上的送、回、排風口，配備相應的傳感器都可以直接讀出風速、壓力和相對溫濕度，尤其適用于對于散流器式風口。使用時將罩口緊貼天花面，使風口整體完全包容，就可以直接讀取。
我們所推薦的無塵車間測試項目包括過濾器風速有其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差、氣流平行度、潔凈度、噪聲、光照度、濕／溫度等等。這些是基本的測試項目，它包括了主要的和輔助的測試項目。這些項目應于無塵車間最初設計的標準和參數相一致，測試認證應在無塵車間移交業主前完成。
所有無塵車間測試項目中有4個主要項目（過濾器風速及其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差和潔凈度）是最重要和最基本的。在設備進入無塵車間前必須完成。其它的一些輔助測試項目如氣流平行度（只適用于單向流無塵車間）、溫、濕度、光照度、噪聲也需要完成，因為它們與無塵車間中空氣的運動和環境參數有關。我們認為至少在動態條件下需要做以上這些輔助測試。