生物藥廠工程設計也要包括以下幾個方面。
，工廠總圖設計。在廠址確定之后，涉及廠區各區域的劃分和布局、車間和其他設施的組成和布局、運輸系統的布局，廠區管線(物料、水、電汽、氣等)的布局、綠化布局、遠期發展、布局規劃等。
第二，潔凈室空調工藝設計。涉及工藝流程、設備選購、生產能力估算、勞動定員和生產班制、車間水、電汽(氣)、冷公用工程量的估算、管道計算和設計、設計說明書的編寫、概預算的編寫、此外還要對其他專業提出要求。
第三，其他設計。采暖通風、供熱、供電(照明和動力)、供汽(氣)、弱電、火災報警、自控儀表、工程經濟、總圖運輸、管道等。
集中空調系統中風口處的氣流比較復雜，測量工作難度較大。只有不能在分支管處測量，才在風口處測量，一般采用風口風量罩和風口風速法。
相對于風口風速法，風量罩能迅速準確地測量風口平均通風量，無論是安裝在天花板、墻壁或者地面上的送、回、排風口，配備相應的傳感器都可以直接讀出風速、壓力和相對溫濕度，尤其適用于對于散流器式風口。使用時將罩口緊貼天花面，使風口整體完全包容，就可以直接讀取。
在無塵車間的建造合同中通常只指定了最基本的空態測試，而靜態和動態測試常常因為緊張的工期而被遺漏。但我們仍建議承建商和業主在靜態和動態條件下都對無塵車間進行測試。這將確保無塵車間的建造符合設計要求。靜態和動態兩種不同條件下測試結果的對比將對分析無塵車間所存在的問題提供很有效的幫助。例如：在靜態條件下潔凈度達標而到了動態條件下卻超標。這可能是因為糟糕的無塵車間管理：安裝機器時不規范的清潔，不恰當的清潔程序，不嚴格的紀律管理，不正確的機器放置位置（擋住了回風口或阻斷了過濾器的送風）等。因此，我們建議在空態和動態時都要對無塵車間進行測試。
我們進行無塵車間氣流流型(單向流)的檢測,明確無塵車間內的設備或設施對氣流的影響,選擇或改善氣流流型使之產生最小的湍流(渦流)，增加無塵車間的自凈能力或恢復率，縮短自凈時間。在紊流潔凈室中，風的輸送和混合都是紊流方式進行的。為確保污染物被清楚，無塵車間的各個部分必須均實現良好的空氣混合。
氣流流形的檢測應按以下步驟進行：
1：布置測點：1)垂直單向流無塵車間選擇縱、橫剖面各一個，以及距地面高度0.8m、1.5m的水平面各一個;水平單向流無塵車間選擇縱剖面和工作區高度水平面各一個，以及距送、回風墻面0.5和房間中心處等3個橫剖面，所有面上的測點間距均為0.2m~1m；2)亂流無塵車間選擇通過代表性送風口中心的縱、橫剖面和工作區高度的水平面各一個，剖面上的測點間距為0.2m~0.5m，水平面上測點間距為0.5m~1m。兩個風口之間的中線上應有測點。
2：測定方法：用發煙器或懸掛單絲線的方法逐點觀察和記錄氣流流向，并可用量角器量出角度，發煙源可用超聲波霧化(0.5um~50um水霧)的去離子(DI)水、噴射方法生成的乙醇或二醇、固態二氧化碳(干冰)等，在高強度光源下示蹤。在確保對人和物無傷害時可以四氯化鈦(TiCl4)作示蹤粒子。