生物藥廠工程設計也要包括以下幾個方面。
，工廠總圖設計。在廠址確定之后，涉及廠區各區域的劃分和布局、車間和其他設施的組成和布局、運輸系統的布局，廠區管線(物料、水、電汽、氣等)的布局、綠化布局、遠期發展、布局規劃等。
第二，潔凈室空調工藝設計。涉及工藝流程、設備選購、生產能力估算、勞動定員和生產班制、車間水、電汽(氣)、冷公用工程量的估算、管道計算和設計、設計說明書的編寫、概預算的編寫、此外還要對其他專業提出要求。
第三，其他設計。采暖通風、供熱、供電(照明和動力)、供汽(氣)、弱電、火災報警、自控儀表、工程經濟、總圖運輸、管道等。
微生物檢測方法有空氣懸浮微生物法和沉降微生物法兩種，采樣后的基片（或平皿）經過恒溫箱內３７℃、４８h的培養生成菌落后進行計數。使用的采樣器皿和培養液必須進行處理。采樣點可均勻布置或取代代表性地域布置。
無塵車間風量調試
這個調試主要是根據設計施工圖紙來計算的，可以計算出無塵車間建設時的設計風量。對新建無塵車間潔凈度進行測試時，主要分為以下三種狀態：空態條件、靜態條件、動態條件。建設完無塵車間成以后，企業可以從這三個條件下分別對無塵車間的潔凈度進行測試，重點關注每種狀態下的潔凈度是否達到企業所要求的標準。
大多數的驗收標準是由無塵車間的業主和承建商通過協商，并參考專業無塵車間測試認證公司的建議而達成的協議。由于獨立的第三方測試認證公司通常能對于無塵車間的測試提出適合的方案，因此中建南方建議業主和承建商在開始討論無塵車間的各種技術參數，測試方式和驗收標準時就邀請測試認證公司參與。在對有關參數或標準產生分歧時，測試認證公司將以自己的專業知識在業主和承建商之間起到調解人的作用。